اولین جلسه تحصیلات تکمیلی گروه با مدیریت جدید به تاریخ 29/11/86 با حضور آقایان اعرابی، شاکر، مؤدب، نجفی و نکونام برگزار شد و طرح رساله‌های دکتری به شرح ذیل تصویب شد.

1. طرح آقای محمد حسین سعیدیان با عنوان «اوامر و نواهی قرآن کریم در حوزه تربیت» با راهنمایی دکتر اعرابی و مشاورت آقایان شاکر و نکونام.

2. طرح آقای علی غفّارزاده با نام «نقد و بررسی مبانی و رویکرد ملاسلطان محمد گنابادی در تفسیر بیان السعاده فی مقامات العباده» با راهنمایی دکتر شاکر و مشاورت آقایان دکتر مؤدب و دکتر عابدی.

3. طرح آقای محمد حسین لطفی با عنوان «بررسی تطبیقی سنت استدراج و امهال در تفاسیر فریقین» با راهنمایی دکتر شاکر و مشاورت آقایان دکتر مؤدب و دکتر نجفی. مقرر شد، موضوع با راهنمایی استاد راهنما تغییر یابد.

4. طرح آقای سید حبیب الله بخارایی زاده با عنوان «علم غیب امامان(ع) از نگاه عقل، کتاب و سنت» با راهنمایی دکتر اعرابی و مشاورت آقایان دکتر مؤدب و آقای داوری.

5. طرح آقای حسن مشکاتی با عنوان «روش‌های ایجاد تفکر صحیح در قرآن» با راهنمایی دکتر نکونام و مشاورت آقایان دکتر شاکر و دکتر اعرابی.

6. طرح آقای محمد قاسمی با عنوان «سیره سیاسی پیامبر(ص) در مواجهه با اهل کتاب» با راهنمایی دکتر نکونام و مشاورت آقایان دکتر شاکر و دکتر نجفی.

7. طرح آقای سید جمال میرمحمدی با عنوان «نقش اجتهاد در تفسیر قرآن کریم» با راهنمایی دکتر شاکر و مشاورت آقایان دکتر نجفی و دکتر مؤدب.

8. طرح آقای بهروز یدالله پور با عنوان «کرامت انسان در قرآن» با راهنمایی دکتر مؤدب و مشاورت آقایان دکتر اعرابی و دکتر شاکر.

9. در مورد طرح آقای محمد حسن محمدی مظفر با عنوان «نقد و بررسی مبانی و روش‌های جریان‌های ظاهرگرا در فهم قرآن» با راهنمایی دکتر شاکر و مشاورت آقایان دکتر و دکتر ناصح، آقای دکتر ناصح به آقای دکتر مؤدب تغییر یافت.

10. در مورد طرح آقای محمد مهدی مسعودی به نام «مبانی و روش‌های فقه الحدیثی شبر در کتاب مصابیح الابرار» تصویب شد که راهنمای آن از دکتر دیاری به دکتر اعرابی تغییر یابد.